病假超过三天就当停薪留职的规定通常是不合法的，以下是具体分析：
病假相关规定
根据我国劳动法及相关法规，职工因患病或非因工负伤，需要停止工作治疗时，企业应根据职工实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予一定的医疗期。在规定的医疗期内，企业需按有关规定支付病假工资或疾病救济费，且病假工资或疾病救济费不得低于当地最低工资标准的80%。
停薪留职相关规定
停薪留职是指员工因某些特殊原因暂时停止领取工资，但仍然保有职位，并在一定期限内返回工作的安排。这一制度通常由单位根据实际情况做出决定，并需遵循相应的劳动法规定。在停薪留职期间，员工享有复职的权利，但工资和福利暂停发放。
对比分析
性质不同 ：病假是员工因健康问题无法工作，依法享有的休息和获得一定薪酬的权利；停薪留职则多是员工因个人原因或其他非健康问题，与单位协商后暂时离开岗位，且不领取工资。
法律依据和待遇不同 ：病假有明确的劳动法规定，员工在医疗期内享有病假工资等福利；停薪留职则主要依据单位的内部规定和双方协商，员工在停薪留职期间通常没有工资和福利。
适用情形不同 ：病假适用于员工因病需要治疗和休息的情况；停薪留职适用于员工因个人发展、家庭照顾等原因需要暂时离开岗位的情况。
综上所述，企业不能简单地将病假超过三天就视为停薪留职，这种做法违反了劳动法关于病假和医疗期的相关规定，侵犯了员工的合法权益。如果企业有类似规定，员工可以向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。