农合作医疗的报销流程如下：

1. 直接刷卡报销 ：

• 参保患者凭有效证件（身份证、医疗卡）在区内乡镇级普通门诊定点医疗机构可直接刷卡报销。

• 在区内及区外市内定点医疗机构住院，出院结账时也可直接刷卡报销。

2. 窗口报销 ：

• 对于在市外二级及以上公立医院住院治疗的参保患者，应在出院后的3个月内，携带医疗费用原始发票、住院医疗费用汇总明细清单、出院小结、门诊病历、医疗卡、患者身份证、户口簿及经办人身份证，到区行政服务中心新农合窗口报销医药费用。

3. 特殊病种门诊报销 ：

• 参保患者若需特殊病种门诊报销，可持二级及以上定点医疗机构出具的病例及相关检查、化验报告、医疗机构证明书等资料，以及《新型农村合作医疗特殊病种门诊治疗审批表》，向新农合业管中心提出申请。经审核批准后，其门诊医药费用可列入新农合基金的报销范围，按住院报销标准以年度为单位进行报销。

4. 意外伤害住院报销 ：

• 因意外伤害的住院患者，出院后需提交由户口所在村（居）签字盖章的意外伤害引发的原因确认证明及医院的病案记录。若无法提供有效证明及记录，则不予受理。经新农合调查、审核后，若属实则予以报销。若责任由第三方负责，则不予报销。

5. 医院直接报账 ：

• 因疾病住院办理住院手续时，向医院出具新型农村合作医疗证直接参与报账。

6. 审核与兑付 ：

• 县级定点医疗机构合作医疗窗口初审核算人员受理医疗费用报销申请，对申请人提交的材料进行审查，具体核算补偿范围内的医药费用和补偿金额，并填写《新型农村合作医疗住院补偿表》，签署核算意见。

• 乡镇定点医疗机构由乡镇卫生院合作医疗窗口初审核算人员受理医疗费用报销申请，对申请人提交的材料进行审查，具体核算补偿范围内的医药费用和补偿金额，并填写《新型农村合作医疗住院补偿表》，签署初审核算意见后，由复核人员或者乡镇专职审核员对初审项目和补偿金额进行审核，签署审核意见。

• 费用兑付由县级以下定点医疗机构合作医疗窗口兑付人员根据审核意见，向申请人支付应当报销的医药费用，并由申请人或者其代理人在《新型农村合作医疗住院补偿表》上签字。

建议：

• 参保患者应提前了解所在地区的具体报销政策和流程，以便及时、顺利地进行报销。

• 保留好所有相关的医疗费用发票、清单、病历等证明材料，以备报销时使用。

• 对于特殊病种和意外伤害等情况，应及时向相关部门提交申请并提供必要的证明材料。