农村合作医疗跨市报销的流程如下：
- 选择异地定点医疗机构 ：
- 在异地就医前，患者需要选择一家异地定点医疗机构进行治疗。
- 办理异地就医备案手续 ：
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可以通过手机APP、微信公众号或打电话给老家的医保部门办理异地就医备案手续。
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需要携带本人身份证（或户口本）、新农合医疗证、病历复印件、住院结算单（有的是发票形式的）、住院费用清单、转诊备案手续等材料。
- 住院费用报销 ：
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在异地定点医疗机构住院期间，患者可以先垫付医疗费用。
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出院时，凭借相关证明材料（如身份证、户口本、新农合医疗证、病历复印件、住院结算单、住院费用清单、转诊备案手续等）到参保地经办机构申请报销。
- 直接结算 ：
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如果医疗机构支持跨省直接结算，患者只需支付个人自付部分，医院会直接与新农合进行结算。
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如果医疗机构不支持直接结算，患者需要先全额垫付医疗费用，然后携带相关材料回参保地进行报销。
- 报销比例和限额 ：
- 报销比例根据就诊医院的等级有所不同。市级定点医院就医，起付线为500元，报销比例为65%；乡镇卫生院就医，起付线为100元，报销比例为90%；县级定点医院就医，起付线为200元，报销比例为82%；省级定点医院就医，起付线为700元，报销比例为55%；省外非定点医院就医，起付线为1000元，报销比例为45%。
- 注意事项 ：
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异地就医的住院费用可以报销，但门诊费用不能报销。
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报销时，患者需要携带齐全的材料，按照规定的流程进行申请和报销。
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如果因特殊情况不能实时完成住院报销，需要就医医院开具一份《跨省就医转诊患者出院未享受即时结报服务说明》，并回到参合地报销。
建议患者在异地就医前，提前了解并办理好异地就医备案手续，以确保能够顺利享受医疗保险报销。建议选择支持跨省直接结算的医疗机构，以简化报销流程，减少不必要的麻烦。