3万元
关于手术费用5万元在农村医疗保险中的报销金额，根据最新的政策和规定，可以进行如下计算：
- 普通门诊与住院补偿 ：
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在村卫生室及村中心卫生室就诊的报销比例为60%，每次就诊处方药费限额为10元，卫生院医生临时补液处方药费限额为50元。
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在镇卫生院就诊的报销比例为60%，每次就诊各项检查费及手术费限额为50元，处方药费限额为100元。
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在二级医院就诊的报销比例为40%，每次就诊各项检查费及手术费限额为50元，处方药费限额为200元。
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在三级医院就诊的报销比例为30%，每次就诊各项检查费及手术费限额为50元，处方药费限额为200元。
- 大病补偿 ：
- 对于一次性或全年累计医疗费用超过5万元的部分，新农合将提供分段补偿，补偿比例通常在65%-70%之间。
结合以上信息，如果手术费用为5万元，并且没有提到跨年度累计或其他特殊限制，那么报销金额可以按照以下分阶段计算：
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5万元以下部分 ：
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在镇卫生院就诊，报销金额为50000元 × 60% = 30000元。
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超过5万元部分 ：
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超过5万元的部分为0元，因此没有额外补偿。
手术费用5万元在农村医疗保险中的总报销金额为30000元。
建议 ：
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建议了解当地的具体政策和规定，因为不同地区和不同医院的报销比例可能会有所不同。
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如果有可能，选择等级较低的医疗机构进行手术，通常可以获得更高的报销比例。
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注意查看是否有其他附加条件或限制，如药品不在报销名录中、需要转院手续等，这些都会影响最终的报销金额。