农村合作医疗的报销流程如下：

1. 准备报销资料 ：

• 门诊报销：携带门诊发票、合作医疗证历本（或病历）。

• 住院报销：携带住院发票、合作医疗证历本（或病历）、费用明细清单、出院小结、其他有关证明。

• 门诊特殊病报销：携带门诊发票、特殊病种合作医疗证历本。

• 办理特殊病种：携带特殊病种门诊治疗建议书、合作医疗证历本、病历、有关化验报告单、照片二张。

2. 提交资料审核 ：

• 将上述资料提交给村（或社区）的合作医疗联络员进行审核。

3. 镇级审核 ：

• 审核通过后，再由镇合作医疗联络员报送至区农易办结报中心进行报销处理。

4. 直接刷卡报销 ：

• 在区内乡镇级普通门诊定点医疗机构，参保患者凭有效证件、医疗卡可直接刷卡报销。

• 在区内及区外市内定点医疗机构住院，出院结账时也可直接刷卡报销。

5. 窗口报销 ：

• 对于在市外二级及以上公立医院住院治疗的参保患者，应在出院后的3个月内，携带医疗费用原始发票、住院医疗费用汇总明细清单、出院小结、门诊病历、医疗卡、患者身份证、户口簿及经办人身份证，到区行政服务中心新农合窗口报销医药费用。

6. 特殊病种门诊报销 ：

• 参保患者若需特殊病种门诊报销，可持相关病例及检查、化验报告、医疗机构证明书等资料，以及《新型农村合作医疗特殊病种门诊治疗审批表》，向新农合业管中心提出申请，经审核批准后，其门诊医药费用可列入新农合基金的报销范围。

7. 意外伤害住院报销 ：

• 因意外伤害的住院患者，出院后需提交由户口所在村（居）签字盖章的意外伤害引发的原因确认证明及医院的病案记录。若无法提供有效证明及记录，则不予受理。经新农合调查、审核后，若属实则予以报销。若责任由第三方负责，则不予报销。

8. 费用兑付 ：

• 费用兑付由县级以下定点医疗机构合作医疗窗口兑付人员根据审核意见，向申请人支付应当报销的医药费用，并由申请人或者其代理人在《新型农村合作医疗住院补偿表》上签字。

建议：

• 参保人员在就医时，尽量选择定点医疗机构，以便于直接刷卡报销，节省时间和精力。

• 对于在市外就医的参保人员，务必在规定时间内携带齐全资料到区服务中心办理报销，以免影响报销进度。

• 若有特殊情况或需要办理特殊病种报销，应提前了解相关政策，准备齐全所需资料，确保报销顺利进行。