农村合作医疗保险（新农合）与职工医保的主要区别体现在以下几个方面：
- 参保对象 ：
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职工医保 ：面向城镇所有用人单位及其职工，包括企业、机关、事业单位、社会团体、民办非企业单位及其职工，以及无雇工的个体工商户、未在用人单位参加职工医保的非全日制从业人员及其他灵活就业人员。
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新农合 ：主要面向农村居民，必须有农村户口才可以办理。
- 缴费主体和方式 ：
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职工医保 ：由用人单位和职工共同缴纳，个人缴纳2%，单位缴纳10%，缴费方式是由用人单位每月从职工工资中代扣代缴。
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新农合 ：由个人缴纳和政府补贴相结合，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资，缴费标准相对较低，一年交一次。
- 缴费标准 ：
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职工医保 ：缴费金额相对较高，具体金额与职工工资挂钩，每月需要缴纳一定费用。
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新农合 ：缴费金额相对较低，目前一年缴费标准约为400元，政府还会给予一定补贴。
- 报销范围和比例 ：
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职工医保 ：报销范围包括门诊、住院、买药等，报销比例较高，一般可达70%-90%，特别是在小病住院时报销更多。一些特殊治疗方法、进口药和高档医疗服务也可能得到报销。
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新农合 ：报销范围主要是住院医疗费，报销比例相对较低，一般在50%-70%之间，且报销比例会因医院级别不同而有所差异。在乡镇小卫生院住院报销比例较高，但在城市三甲大医院报销比例会降低。
- 报销限额 ：
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职工医保 ：一年报销金额较高，一般可达几十万甚至更高，减轻了患者家庭的经济负担。
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新农合 ：报销限额相对较低，一般约为十几万元，对于特别严重的疾病可能无法得到充分报销。
- 就医便利性 ：
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职工医保 ：在定点医院就医报销比例和范围较高，就医相对便利。
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新农合 ：在乡镇小卫生院报销比例较高，但在城市医院报销比例较低，就医便利性相对较差。
- 参保年限 ：
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职工医保 ：在交满20/25年后可以免费享受医保待遇。
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新农合 ：需要终身缴费，才能享受医保待遇。
职工医保的保障水平和报销比例较高，但缴费金额也较大；而新农合的缴费金额较低，适合经济条件较差的农村居民。建议根据个人实际情况和需求选择合适的医保制度，同时也可以考虑同时拥有两种医保以获得更全面的保障。