医疗保险和农村合作医疗的主要区别如下：
- 针对的人群不同 ：
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医疗保险 （简称医保）主要针对城镇职工和城乡居民，包括没有参加城镇职工医疗保险的未成年人和无工作的居民。
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农村合作医疗 （简称新农合）主要针对农村户口的居民。
- 系统管理不同 ：
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医保 属于社保系统管理，覆盖城镇职工、居民等群体。
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新农合 由卫生部门管理，实行制度化管理。
- 筹资水平不同 ：
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医保 的缴费由职工和用人单位共同承担，缴费水平较高，报销比例也较高。
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新农合 的缴费由农民个人、集体和政府三方共同承担，缴费水平较低，报销比例相对较低。
- 报销比例和范围不同 ：
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医保 的报销比例通常在70%以上，且报销范围较广，包括门诊和住院的医疗费用、药品费用、医疗器械费用等。
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新农合 的报销比例根据医院等级不同有所变化，一般在50%左右，报销范围主要集中在住院费用上。
- 个人医保账户 ：
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医保 设有个人医保账户，参保人的医疗费用报销首先通过个人账户进行支付，个人账户余额不足时，再由医保基金进行支付。
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新农合 没有设立个人医保账户，所有参保人的医疗费用报销都通过统一的医保基金进行。
- 保障期限和退休政策 ：
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医保 要求持续缴纳至少15年，参保人在达到法定退休年龄后可以享受终身医保待遇。
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新农合 通常是一年一缴，没有长期保障，没有退休政策，终身需要缴费。
- 缴费方式 ：
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医保 由用人单位和职工共同缴纳，其中医疗保险由国家、企业和个人共同承担。
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新农合 由农民个人自愿参加，费用一般固定，政府也会给予一定程度的补贴。
医疗保险和新农合在覆盖人群、系统管理、筹资水平、报销比例和范围、个人医保账户、保障期限和退休政策以及缴费方式等方面存在明显差异。建议根据自身情况选择适合的医疗保险类型，以确保获得充分的医疗保障。