可以
合作医疗（新农合）与五险一金（养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险，以及住房公积金）之间并不冲突 。具体来说：
- 法律依据 ：
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《中华人民共和国社会保险法》第四条和第五十八条明确规定，用人单位和劳动者必须依法参加社会保险，缴纳社会保险费。
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该法第二条提到，国家建立基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、失业保险、生育保险等社会保险制度。
- 缴费方式 ：
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合作医疗（新农合）是由个人自愿缴纳的，属于政策性医保，一般一年缴纳一次。
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五险一金则是由用人单位和劳动者共同缴纳，具有国家强制性。
- 医疗保险的冲突 ：
- 虽然合作医疗和五险中的医疗保险都属于医疗保险范畴，但它们是独立的保险体系。五险中的医疗保险是强制性的，而合作医疗是自愿的。一个人可以同时拥有这两份医疗保险，但在报销时只能选择其中一份。
- 断缴与补缴 ：
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如果医疗保险断交超过3个月，转入地经办机构不予支付未缴费期间的医疗费用。
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离职后，可以按自由职业者的身份自己继续缴纳社会保险，也可以转到新公司账户内，让新公司继续缴纳社会保险。
合作医疗断缴后，仍然可以缴纳五险一金 。建议在选择是否缴纳五险一金时，综合考虑个人的经济状况、就业情况以及未来的医疗保障需求。