农村合作医疗和公司交的五险在多个方面存在显著区别：
- 保障对象不同 ：
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五险 ：主要针对企、事业单位职工，由职工和公司共同缴纳。
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农村合作医疗 （简称新农合）：主要面向农民，只有农村户口才能办理。
- 缴费标准不同 ：
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五险 ：缴费相对较高，通常按照本市上年度在岗职工平均工资的一定比例和基数进行缴费，一年最低缴费要千元以上。
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新农合 ：缴费较低，一年缴费金额大概在两百元左右。
- 筹资结构不同 ：
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五险 ：由用人单位和参保人共同缴纳，用人单位缴的是主要部分。
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新农合 ：主要供款方是政府，政府给予现在的老年人基础养老金，同时对中年人的缴费予以一定金额补贴。
- 保障力度和待遇不同 ：
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五险 ：包括养老保险、医疗保险、生育保险、失业保险、工伤保险和住房公积金，待遇标准相对较高，医疗保险参保人员完成缴费年限后可以终身享受。
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新农合 ：保障力度相对较低，主要用于报销农村居民看病就医产生的费用，包含门诊报销、住院补偿以及大病保险，但报销比例较少，且一般只能针对医疗保险进行报销。
- 覆盖范围不同 ：
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五险 ：覆盖所有单位和职工，参保人在完成交费年限后便可以终身获得享受。
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新农合 ：在农村必须是农村户口才能参加，当年缴费，次年需再交钱才可以享受。
- 保险性质和作用不同 ：
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五险 ：是一种社会性福利保障制度，为没有劳动能力和没有劳动岗位的人提供保障。
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新农合 ：是由国家政策牵头，并由当地政府组织、引导的一种医疗保障体系，主要目的是为农民提供基本的医疗保障。
建议
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选择合适的保险 ：根据个人身份和需求选择合适的保险。如果有正式工作，建议参加五险以获得更全面的保障；如果是农民，新农合是一个基本的医疗保障选择。
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避免重复缴费 ：由于五险和新农合的医疗保险部分存在冲突，不需要同时参加，可以根据实际情况选择其中一种。
希望这些信息对你有所帮助。