农村合作医疗（新农合）与职工医疗保险的主要区别体现在以下几个方面：
- 覆盖对象 ：
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职工医疗保险主要针对城镇的用人单位及其职工。
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农村合作医疗（新农合）则是为农村户口的居民提供的。
- 缴费主体 ：
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职工医疗保险的缴费由用人单位和职工共同承担。
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新农合的资金则来自个人、集体和政府的多方筹资。
- 报销比例和范围 ：
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新农合在农村乡镇医院的报销比例较高，而职工医保在定点医院的报销比例最高，非定点医院的报销比例较低。
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职工医疗保险的报销比例通常较高，提供的医疗服务范围也更广。
- 管理机构 ：
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职工医疗保险一般由社会保险行政部门管理。
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农村合作医疗保险则可能由当地的卫生行政部门或者农村合作经济组织管理。
- 服务网络建设 ：
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职工医疗保险通常拥有更完善的服务网络，包括各类大中型医院。
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农村合作医疗保险则侧重于基层医疗卫生服务，如乡镇卫生院和村卫生室。
- 缴费方式 ：
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职工医疗保险需要缴纳时间达到一定的年限（一般需要连续缴纳六个月），用户才可享受报销待遇。
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新农合是农民自愿参加，需要每年办理参保缴费手续。
- 其他差异 ：
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职工医疗保险的门诊待遇和住院待遇相对较高，且设有个人账户资金划入，可用于门诊医疗费用的支付。
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新农合的报销比例相对较低，且没有个人账户资金划入，门诊医疗费用的报销比例也较低。
职工医疗保险和农村合作医疗在覆盖对象、缴费主体、报销比例、管理机构、服务网络建设、缴费方式等方面存在明显差异。职工医疗保险更适合城镇职工，而新农合则为农村居民提供基本医疗保障。建议根据个人实际情况选择合适的医疗保险计划。