不可以
交了灵活就业社保后，一般不需要再交农村合作医疗。灵活就业社保通常包含了养老保险和医疗保险，为个人提供基本的养老与医疗保障。如果已经参加了灵活就业社保中的医疗保险，则无需重复缴纳农村合作医疗，因为两者在功能上存在重叠。
一、灵活就业社保的基本构成
养老保险
灵活就业人员可根据自身经济状况，在上年社平工资的60%至300%之间选择适当的缴费基数，缴费比例为20%。医疗保险
包括基本医疗保险、门诊大病医疗及大额医疗救助等部分，缴费比例合计约为8.5%（7.5%+1%）加上固定费用260元/年。待遇等待期
初次参保设立待遇等待期，即自缴费之月起6个月后开始享受医保待遇。
二、农村合作医疗的特点
缴费标准
农民个人每年的缴费标准不应低于10元，部分地区可相应提高。参保对象
主要面向农村户籍人口，乡镇企业职工是否参加视具体情况而定。保障范围
覆盖常见病、多发病的门诊和住院费用，重点解决农民基本医疗需求。
三、灵活就业社保与农村合作医疗对比
对比项 | 灵活就业社保 | 农村合作医疗 |
|---|---|---|
缴费比例 | 养老保险20%，医疗保险约8.5%+260元/年 | 每年不低于10元 |
参保对象 | 自由职业者、个体工商户 | 农村户籍人口 |
医疗保障范围 | 基本医疗保险、门诊大病、大额救助 | 门诊与住院基础医疗 |
待遇等待期 | 有（6个月） | 一般无 |
是否强制 | 否 | 部分地区为自愿 |
四、选择建议
已有灵活就业社保者
若已缴纳包含医疗保险的灵活就业社保，无需重复缴纳农村合作医疗，避免资源浪费。仅缴养老保险者
灵活就业人员可选择只缴养老保险而不缴医疗保险，并考虑加入新农合以获得医疗保障。经济条件有限者
若经济压力较大，优先保障基础医疗，可选择农村合作医疗，因其缴费较低、覆盖广泛。
若已缴纳包含医疗保险的灵活就业社保，则不能 再重复缴纳农村合作医疗。两者功能相似，重复参保无实际意义。对于不同人群应根据自身情况作出合理选择，确保医疗保障的同时避免不必要的支出。