农村合作医疗在异地就医的报销流程如下：

1. 转诊手续 ：

• 在住院前或住院后3日内，联系当地新农合管理机构（如县合管办）进行登记备案。

• 在现有住院医院找到副主任以上级别的医师，开具转诊证明，并到医院的医务部盖章。

2. 异地就医备案 ：

• 可以通过微信搜索“国家异地就医备案”小程序或下载“国家医保服务平台”APP进行线上备案。

• 或者携带患者身份证、两张一寸彩色照片、新农合医疗证到县合管办办理转诊备案手续。

3. 选择定点医疗机构 ：

• 在异地就医前，通过官方渠道查询可供选择直接结算的异地联网定点医疗机构。

4. 住院手续 ：

• 携带患者身份证、新农合医疗证和转诊备案手续到选定的异地定点医疗机构办理住院手续。

5. 费用结算 ：

• 在联网结算医院，个人首先负担10%的费用，剩余部分按照参保地三级医院的报销政策进行结算。

• 在非联网结算医院，出院后携带相关资料（如病历复印件、住院结算单、费用清单、转诊备案手续等）到参合地经办机构报销。

6. 报销比例 ：

• 异地就医的报销比例根据就医地点有所不同，具体比例如下：

• 乡镇卫生院：起付线100元，报销比例90%。

• 县级定点医院：起付线200元，报销比例82%。

• 市级定点医院：起付线500元，报销比例65%。

• 省级定点医院：起付线700元，报销比例55%。

• 省外非定点医院：起付线1000元，报销比例45%。

建议：

• 在异地就医前，务必提前了解并办理好转诊备案手续，以确保能够顺利享受医保报销。

• 报销时，准备好所有必要的资料，避免因资料不全而影响报销进度。

• 如果所在地区支持异地直接结算，尽量选择联网结算医院，以减少个人垫付和报销的麻烦。