医保卡和农合卡的主要区别体现在以下几个方面：
- 覆盖人群不同 ：
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医保卡，即城镇职工基本医疗保险卡，主要覆盖城镇户口的居民，包括在职职工和灵活就业人员。
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农合卡，即新型农村合作医疗卡，主要覆盖农村户口的居民，必须以家庭为单位整户参保。
- 管理部门不同 ：
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医保卡由人社部门管理。
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农合卡多数地方由卫生部门管理。
- 购买方式不同 ：
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医保卡需要职工个人和用人单位共同承担费用，单位缴纳大部分，个人缴纳小部分。
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农合卡由农民个人、集体和政府三方面筹资，农民自愿参加，费用一般固定。
- 报销比例和药品目录不同 ：
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医保卡的报销比例较高，根据不同等级的医院，报销比例在85%左右，且可报销的药品目录较广。
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农合卡的报销比例相对较低，在10%-80%之间，且可报销的药品目录较少，特别是在市级医院的报销比例比城镇医保低10%-20%。
- 保障待遇侧重点不同 ：
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医保卡主要保障住院和门诊大病，同时兼顾普通门诊，待遇较高。
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农合卡主要保障农民看病就医，特别是住院待遇，但普通门诊和门诊大病的保障相对较少。
- 功能和使用范围不同 ：
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医保卡仅用于医疗保障范畴，具有局限性。
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社保卡功能更为广泛，除了医疗保障外，还包括养老、失业、工伤和生育保险等，且全国通用。
- 安全等级不同 ：
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医保卡的安全等级较低，容易被复制。
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社保卡的安全等级较高，更不易被复制。
医保卡和农合卡在覆盖人群、管理部门、购买方式、报销比例、保障待遇、功能和使用范围以及安全等级等方面存在明显的差异。建议根据个人户籍和就业情况选择合适的医疗保障方式，并了解相关政策和规定，以便更好地享受医疗保障待遇。