农村合作医疗门诊的报销流程如下：

1. 普通门诊报销 ：

• 参保患者持合作医疗证和卡在乡、村两级定点医疗机构就诊时，由定点医疗机构直接减免门诊补偿费用。普通门诊医药费用按25%报销，每人每年最高报销150元。

• 在村卫生室及镇卫生院门诊就诊时，患者在就诊后直接在收费处结算报销，报销比例通常为村卫生室60%左右，镇卫生院40%左右。

2. 特殊病种门诊报销 ：

• 对于特殊病种，参保患者可持二级及二级以上定点医疗机构出具的病例以及相关检查、化验报告、医疗机构证明书等资料以及《新型农村合作医疗特殊病种门诊治疗审批表》向新农合业管中心提出申请，经审核批准后，其门诊医药费用可以列入新农合基金的报销范围，可按照住院报销标准以年度为单位进行报销。

3. 异地就医报销 ：

• 如果需要在异地就医，参保患者需先进行异地就医备案。备案方式包括线上和线下两种，线上可以通过当地医保部门的官方网站、手机APP等渠道进行；线下则可以到参保地的医保经办机构办理。

• 备案成功后，在异地定点医疗机构就医的费用，可按规定进行报销。报销时需提供住院发票、费用清单、诊断证明、病历等材料，可在就医地的医保经办机构办理报销，也可将材料带回参保地报销。

4. 住院报销 ：

• 住院登记：参保患者持合作医疗证到定点医院就医，由医生开具住院证明，主治医生核对病人合作医疗证、身份证、户口本原件及复印件并签字后，到新农合窗口办理住院登记。

• 出院结算报销：出院时，患者或其家属携带本人身份证、医保卡、住院发票、出院记录、费用清单等材料，前往医院的医保结算窗口进行报销结算。工作人员会对提交的材料进行审核，计算可报销的金额，患者只需支付自付部分费用。

建议：

• 参保患者应及时办理报销手续，避免错过报销时限。

• 保留好所有相关单据和资料，以便在报销时能够顺利提供。

• 对于特殊病种，应提前了解相关政策和申请流程，确保能够及时享受到报销待遇。