农村合作医疗跨区住院的报销流程如下：

1. 办理转诊手续 ：

• 在现在的住院医院找到副主任以上级别的医师，帮忙开具转诊证明，并去医院的医务部盖上医院的公章。

• 或者，参保人员可以电话联系参合地经办机构申请办理跨省就医转诊，并选择跨省定点医疗机构就医。

2. 携带相关材料 ：

• 携带患者身份证（或户口本）、新农合医疗证、转诊证明、住院结算单、住院费用清单、病历复印件、出院小结、门诊病历、医疗卡、患者身份证、户口簿及经办人身份证等相关材料。

3. 异地就医 ：

• 在异地定点医疗机构就医，办理新农合住院手续。

4. 出院结算 ：

• 在出院时，可以在新农合直接结报服务窗口结算，支付个人自付费用。如果当地新农合不能异地结算，则需要携带相关资料回到参保地报销。

5. 报销比例 ：

• 异地就医时，个人首先负担一定比例的费用，剩余部分按照参保地三级医院的报销政策审核结算。具体比例如下：

• 乡镇卫生院就医：起付线为100元，报销比例为90%；

• 县级定点医院就医：起付线为200元，报销比例为82%；

• 市级定点医院就医：起付线为500元，报销比例为65%；

• 省级定点医院就医：起付线为700元，报销比例为55%；

• 省外非定点医院就医：起付线为1000元，报销比例为45%。

6. 时间限制 ：

• 各地规定不一样，一般是规定在当年报销，跨年度的不超过一季度。

建议：

• 在报销之前，建议先咨询当地社保工作人员，了解具体的报销流程和所需材料，避免缺少资料。

• 如果选择在深圳等已实现跨省直接报销的地区就诊，可以直接在当地办理异地报销，更加方便。