医疗保险和农村合作医疗（新农合）的主要区别体现在以下几个方面：
- 覆盖人群 ：
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医疗保险 ：主要针对具有非农业户籍、不在城镇职工基本医疗保险覆盖范围内的城镇居民。
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农村合作医疗 ：针对的是农村户口的人群。
- 系统管理 ：
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医疗保险 ：属于社保系统管理。
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农村合作医疗 ：由卫生局业务管理。
- 筹资水平与报销比例 ：
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医疗保险 ：
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城镇职工医保政策范围内住院费用报销比例达80%以上。
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城镇居民医保政策范围内住院费用报销比例约为70%。
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农村合作医疗 ：
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报销比例约为75%左右。
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报销范围包括急诊、抢救的医疗费用以及符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准的医疗费用。
- 报销方式与便利性 ：
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医疗保险 ：
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城镇医保可在各个区域随时报销，跨区域看病需先备案，自费后再报销。
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城镇职工医保有个人账户，可用于支付门诊费用等。
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农村合作医疗 ：
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报销需要到当地合作医疗管理机构或指定医疗机构进行，手续包括身份证、医保卡、原始发票等。
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个人账户资金可在本县区基层医疗机构使用，但无法像医保卡一样随时刷卡。
- 缴费标准 ：
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医疗保险 ：
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城镇职工医保缴费与个人工资和当地平均工资挂钩，每月需缴纳一定金额。
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城镇居民医保和新农合的缴费金额相对较低，每年固定金额，政府会有部分补贴。
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农村合作医疗 ：
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农民个人每年交费几百元，国家财政每人每年配套80元。
- 其他差异 ：
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医疗保险 ：
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包含医保、养老保险、失业保险、工伤保险和生育保险等多个保险项目。
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报销范围较广，包括一些特殊治疗方法和进口药等。
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农村合作医疗 ：
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主要针对大病治疗费用，保障水平相对较低。
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没有退休政策，需终身缴费。
综上所述，医疗保险和农村合作医疗在覆盖人群、系统管理、筹资水平与报销比例、报销方式与便利性、缴费标准以及其他相关方面均存在显著差异。建议根据自身户籍和需求选择合适的医疗保险类型。