农村合作医疗跨省报销的流程如下：

1. 转诊手续 ：

• 在住院前或住院后3日内，联系新农合咨询电话进行登记备案。

• 出院后，需到居住所在地由街道办事处或居委会出具居住证明，如果是在外务工，需有务工单位出具务工证明。

• 携带患者身份证、新农合医疗证、转诊备案手续到转诊医院就医，办理新农合住院手续。

2. 住院治疗 ：

• 在异地定点医疗机构就医，医务人员会开具住院证明。

• 医院为患者提供结算单、住院明细等材料，并垫付新农合报销费用，定时将票据转交至患者所在地新农合经办机构。

3. 报销申请 ：

• 参保人员应先到参保地医保中心提出异地就医申请，并领取审批表，在异地医保定点医院的医保办公室盖章。

• 携带出院小结、发票、用药明细表等相关票据，到参保地医保中心办理报销手续。

4. 直接结算 ：

• 若参保地与就医地实现了医保联网结算，参保人员可直接在就医地刷医保卡就医，医疗费用将直接结算。

• 报备后，出院时社保和医院直接结算，不用自己再去报销。

5. 注意事项 ：

• 报销需要回参保地报销，不能直接在异地报销。

• 报销比例和起付线根据当地政策有所不同，一般起付线2000元左右，报销比例为合理费用的45%。

• 选择“长期异地居住”时，报销比例与参保地一致，且长期有效，但需要开证明或选择签署承诺。

建议：

• 在异地就医前，务必提前办理好转诊手续和异地就医备案，以确保能够顺利报销。

• 了解当地的医保政策和报销比例，以便更好地规划医疗费用。

• 如果条件允许，尽量选择已实现医保联网结算的定点医疗机构，以简化报销流程。