不可以
员工交了新农合 不可以 不交社保。以下是相关依据：
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法定义务 ：根据《社会保险法》的规定，用人单位有义务为其职工缴纳社会保险，这是用人单位的法定义务，具有国家强制性。这一义务不因职工已参加其他保险（如新农合）而免除。
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保障范围 ：社保包含养老保险、医疗保险、失业保险、生育保险和工伤保险五险，而新农合只是医疗保险。社保中的医疗保险与新农合在报销时存在冲突，不能重复报销，但社保中的其他险种如养老保险、失业保险、生育保险和工伤保险是新农合所没有的。如果员工只参加新农合，在面临失业、工伤、生育等情况时将无法享受相应的社保待遇，如失业金、工伤赔偿、生育津贴等。
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法律强制 ：用人单位未按时足额缴纳社会保险费的，由社会保险费征收机构责令限期缴纳或者补足，并自欠缴之日起，按日加收万分之五的滞纳金；逾期仍不缴纳的，由有关行政部门处欠缴数额一倍以上三倍以下的罚款。劳动者可以要求用人单位为其补缴社保，如果用人单位不为其缴纳社保的，劳动者可以向当地的社保部门进行投诉举报。
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实际操作 ：由于新农合与社保中的医疗保险存在冲突，且医保系统已经联网同步，因此不办停新农合是无法缴纳职工医保的。员工需要先办停新农合，才能顺利参加企业职工医保。
企业不应以员工已参加新农合为由拒绝为其缴纳社保，员工交了新农合也需要交社保。