新型农村合作医疗（简称合作医疗）的报销流程如下：
- 本地医疗卡直接结算 ：
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参保患者凭有效证件（如身份证、医疗卡）在区内乡镇级普通门诊定点医疗机构可以直接刷卡报销。
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在区内及区外市内定点医疗机构住院时，出院结账时也可以直接刷卡报销。
- 窗口报销 ：
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对于在市外二级及以上公立医院住院治疗的参保患者，应在出院后的3个月内，携带以下资料到区行政服务中心新农合窗口报销医药费用：
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医疗费用原始发票
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住院医疗费用汇总明细清单
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出院小结
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门诊病历
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医疗卡
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患者身份证
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户口簿及经办人身份证。
- 特殊病种门诊报销 ：
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参保患者若需特殊病种门诊报销，可持以下资料向新农合业管中心提出申请：
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二级及以上定点医疗机构出具的病例及相关检查、化验报告、医疗机构证明书等
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《新型农村合作医疗特殊病种门诊治疗审批表》
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经审核批准后，其门诊医药费用可列入新农合基金的报销范围，按住院报销标准以年度为单位进行报销。
- 意外伤害住院报销 ：
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因意外伤害的住院患者，出院后需提交由户口所在村（居）签字盖章的意外伤害引发的原因确认证明及医院的病案记录。
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若无法提供有效证明及记录，则不予受理。经新农合调查、审核后，若属实则予以报销。若责任由第三方负责，则不予报销。
- 异地医疗报销 ：
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参保患者在异地就医时，需携带以下资料回户籍所在地的乡镇合管办进行报销：
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诊断证明
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出院证明
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发票
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费用清单（原件）
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病理复印件等。
- 门诊费用报销 ：
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参加新农合的农民在乡、村两级定点医疗机构就诊时，由定点医疗机构直接减免门诊补偿费用。
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参保农民因患慢性病和重大疾病在省、市、区定点医疗机构门诊就诊时，所产生的医疗费用需先由参保农民现金结算，经各乡镇合管办初审后上报至区合管办审核，审核后由户籍所在乡镇卫生院录入新农村合作医疗机构垫付资金，之后经区合管办审批后直接划拨到定点医疗机构新农合资金专户。
建议在办理报销时，确保所有资料齐全且有效，以便顺利完成报销流程。