城乡居民社保和合作医疗（新农合）的主要区别如下：
- 参保对象不同 ：
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城乡居民社保 ：覆盖具有非农业户籍的城镇居民，包括学生、儿童、老年居民等。
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新农合 ：针对具有农村户口的居民，通常以家庭为单位整户参加。
- 系统管理不同 ：
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城乡居民社保 ：属于社保系统管理，由人力资源和社会保障局负责。
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新农合 ：由卫生局的业务系统管理。
- 筹资水平与报销比例不同 ：
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城乡居民社保 ：
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城镇职工医保政策范围内住院费用报销比例达80%以上。
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城镇居民医保政策范围内住院费用报销比例约为70%。
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新农合 ：
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报销比例约为75%。
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参合农民的个人账户资金只能在本地基层医疗机构使用，不能像医保卡一样随时刷卡，跨区域看病需先备案再自费报销。
- 保障期限不同 ：
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城乡居民社保 ：医疗保险要求持续缴纳最少15年才可以享受终身医保待遇。
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新农合 ：是交一年保一年，不保证终身待遇。
- 有无个人医保账户 ：
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城乡居民社保 ：有个人医保账户，可以在指定医疗机构刷卡使用。
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新农合 ：没有个人医保账户，资金主要用于支付医疗费用。
- 缴费方式不同 ：
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城乡居民社保 ：由用人单位和个人共同缴费。
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新农合 ：由农民个人缴费，同时接受集体扶持和政府资助。
- 报销范围不同 ：
- 新农合 ：费用补助在不同级别的医院有所不同，如县内一级医院60%，二级医院50%，县外医院40%。
城乡居民社保和新农合在参保对象、系统管理、筹资水平、报销比例、保障期限、个人医保账户、缴费方式及报销范围等方面存在明显差异。建议根据自身情况选择合适的保险类型，以确保获得适当的医疗保障。