农村合作医疗在地方和省会住院的报销流程和比例如下：
- 本地住院报销 ：
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参保患者在本地定点医疗机构（如村卫生室、乡镇卫生院、二级医院、三级医院）就诊时，可凭医保卡、身份证等有效证件直接刷卡报销或窗口报销。
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报销比例根据就诊医院等级不同而有所差异。具体为：村级卫生院最高可达60%，镇级卫生院为40%，二级医院30%，三级医院20%。
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门诊报销方面，村级医院报销比例可达75%，乡级医院为65%。二级医院治疗大病，报销比例在75%至85%之间，三级医院则为55%至60%。
- 异地住院报销 ：
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参保患者需先向当地社保局或医保管理部门申请办理跨省就医转诊手续，并明确就医的城市及医院名称。
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在异地定点医院接受治疗时，可能需要先自行垫付医疗费用。出院时，若当地支持新农合异地结算，可直接在医院办理报销手续，报销原则为多退少补。若不支持，则需携带相关材料返回参保地办理报销。
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异地住院报销所需材料包括：住院病历、费用清单、住院发票、疾病诊断书、出院小结、身份证、户口本、合作医疗本（或证、卡）、转院手续或证明等。
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报销比例方面，异地住院的报销比例通常低于本地，具体比例需遵循当地规定。例如，在省级（三级）定点医疗机构住院，报销起付线为1000元，报销份额为50%。
- 大病报销 ：
- 符合大病保险报销条件的参保人，在基本医疗保险报销后，可向当地医保部门提出大病保险报销申请。申请时需提供相关病历资料、费用发票等证明材料。医保部门审核通过后，将按照规定的报销比例给予报销。
- 报销时限 ：
- 农村合作医疗报销有一定的时限要求。一般来说，参保人应在费用发生后的一定时间内（如一年内）办理报销手续，逾期可能不予报销。具体报销时限因地区而异，参保人应及时了解当地的报销政策，按时办理报销手续。
建议：
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在异地住院前，务必提前办理好转诊手续，并了解当地是否支持异地结算，以确保报销顺利。
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报销时，准备好所有必要的材料，避免因材料不全而影响报销进度。
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及时办理报销手续，以免错过报销时限。