农村合作医疗和五险（社保）之间存在以下主要区别：
- 保障对象不同 ：
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五险（社保） ：主要针对企、事业单位职工。
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农村合作医疗 ：面向年满16周岁（不含在校学生）、未参加其他社会养老保险的城乡居民。
- 缴费标准不同 ：
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五险（社保） ：按照本市上年度在岗职工平均工资的一定比例和基数进行缴费，缴费相对较高。
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农村合作医疗 ：个人缴费标准按照国家规定，目前设为每年100元至1000元10个档次，自愿选择缴费档次，缴费较低。
- 筹资结构不同 ：
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五险（社保） ：主要由用人单位和参保人共同缴纳，用人单位缴的是主要部分。
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农村合作医疗 ：主要供款方是政府，政府给予现在的老年人基础养老金，同时对中年人的缴费予以一定金额补贴。
- 待遇标准不同 ：
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五险（社保） ：待遇包括养老保险、医疗保险、生育保险、失业保险、工伤保险和住房公积金，待遇标准相对较高。
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农村合作医疗 ：待遇主要包括养老保险和医疗保险，待遇水平较低。养老保险待遇由基础养老金和个人账户养老金两部分组成。
- 概念和投保人群不同 ：
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五险（社保） ：包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险，针对有正式工作的员工，由职工和公司一起缴纳。
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农村合作医疗 ：简称新农合，现已和城镇居民医疗保险合并，统称城乡居民医疗保险，主要面向农民，只有农村户口才能办理。
- 缴纳费用和方式不同 ：
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五险（社保） ：缴费相对较贵，最低缴费一年要千元以上，具有一定强制性，企业必须为在职职工购买。
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农村合作医疗 ：缴费相对便宜，一年缴费金额大概在两百元左右，根据自愿原则参加，一年一交费、一年一参合。
- 保障期限不同 ：
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农村合作医疗 ：交一年保一年，一般只能针对医疗保险进行报销，报销比例较少。
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五险（社保） ：医疗保险参保人员完成缴费年限后可以终身享受。
- 作用和待遇不同 ：
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农村合作医疗 ：主要作用是报销农村居民看病就医产生的费用，包含门诊报销、住院补偿以及大病保险，但因基金筹措有限，保障力度略低。
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五险（社保） ：能在医疗、养老、生育、工伤等多方面提供帮助，具有低水平、广覆盖的特点，不同性质单位的职工都能享受。
农村合作医疗和五险在保障对象、缴费标准、筹资结构、待遇标准、概念、投保人群、缴纳费用、保障期限和作用等方面存在明显差异。建议根据个人实际情况和需求选择合适的保险制度。