特殊门诊通常需要在指定的医院进行就诊和治疗，这些指定的医院一般是经过医保部门认定的定点医疗机构。具体情况如下：
一般规定
定点医疗机构：参保人办理特殊门诊病种资格认证手续的医院将默认成为参保患者选定的就诊备案医疗机构。参保人还可根据自身需要，在提供特殊门诊病种服务的定点医疗机构中再选择一定数量的医院办理就诊备案手续。例如，在南京市，参保人员可按门诊特殊病种相关规定选择3家定点医疗机构及1家定点零售药店作为本人门诊特殊病种待遇享受定点医疗机构。
特殊情况
部分疾病限制：对于一些特定的疾病，可能只能选择1家定点医疗机构。例如，慢性肾功能衰竭透析治疗、血友病、严重精神障碍及艾滋病等病种在南京市限选1家定点医疗机构。
异地就医：办理异地就医备案的人员，可在规定的备案地联网医疗机构刷卡结算门诊特殊病费用。但需注意，部分地区可能对异地就医的特殊门诊报销有特殊规定，建议提前咨询当地医保部门。
地区差异
不同地区政策不同：不同地区的医保政策可能有所差异，因此在实际操作中，需要根据当地的医保规定来确定具体的就诊医院数量和选择范围。例如，有的地区可能允许参保人选择2家定点医院，而有的地区可能只能选择1家。
建议
咨询当地医保部门：为了确保准确了解特殊门诊的就诊医院选择政策，建议参保人及时咨询当地的医保部门或所在单位的医保专干，获取最新的政策信息和具体的操作指导。