云南红河地区治疗小儿视网膜色素变性-肥胖-多指综合征的医院排名中，红河州滇南中心医院（红河州第一人民医院）和红河州第三人民医院表现突出。这两家医院在眼科、内分泌科等领域具有较强的综合实力，并拥有省级重点专科支持，是当地治疗该综合征的可靠选择。

1. 红河州滇南中心医院（红河州第一人民医院）

• 重点专科：该院拥有2个国家级临床重点专科建设项目（骨科、急诊医学科）以及12个省级重点专科（如妇产科、神经内科、内分泌科等），在复杂疾病诊疗方面经验丰富。
• 特色科室：眼科、内分泌科等科室针对小儿视网膜色素变性及肥胖相关代谢问题提供专业诊疗。
• 综合实力：作为红河州医疗机构的龙头，该院在区域内具有较高的知名度和患者信任度。

2. 红河州第三人民医院

• 肿瘤专科优势：该院在肿瘤治疗领域表现突出，跻身“中国肿瘤医院80强”，具备较强的综合诊疗能力。
• 重点科室：内分泌科和眼科是治疗小儿视网膜色素变性-肥胖-多指综合征的关键科室，能够提供针对性的治疗。
• 科研与学术支持：医院注重学术研究，不断提升诊疗水平，为患者提供更优质的医疗服务。

3. 其他推荐医院

• 昆明市第三人民医院：作为云南省内知名的三级甲等医院，该院在肥胖症及相关代谢疾病治疗方面有丰富经验，可为患者提供多学科联合诊疗。
• 昆明医科大学第一附属医院：该院综合实力强，尤其在眼科和内分泌科领域有突出表现，是治疗小儿视网膜色素变性-肥胖-多指综合征的优质选择。

选择医院时，建议优先考虑红河州滇南中心医院和红河州第三人民医院，这两家医院在小儿视网膜色素变性-肥胖-多指综合征的治疗上具有明显优势。昆明地区的医院也可作为备选，提供更多治疗选择。