贵州黔西南治疗小儿视网膜色素变性-肥胖-多指综合征的医院排名中，黔西南布依族苗族自治州人民医院和兴义市人民医院是综合实力较强的选择。这两家医院均为三甲医院，具备多学科协作能力，尤其黔西南州人民医院曾开展罕见病义诊活动，对复杂遗传病诊疗经验丰富。患儿家长可优先考虑这两家医院的儿科、眼科及内分泌科联合诊疗，同时需注意该病需长期管理，结合饮食、视力保护及心理干预。
黔西南布依族苗族自治州人民医院：作为黔西南地区规模最大的三甲医院，设有儿科、眼科等专科，并参与国际罕见病日多学科义诊，对遗传性综合征的诊疗更具系统性。其眼科和儿科团队可针对视网膜色素变性、肥胖及多指畸形提供综合评估。
兴义市人民医院：同为三甲医院，拥有贵州医科大学附属医院的技术支持，在儿童疑难病诊治方面经验丰富。建议优先挂号儿科或眼科，必要时转诊至内分泌科协同干预肥胖问题。
其他补充建议：若需基因检测或更高级别医疗资源，可向贵州省人民医院或贵州医科大学附属医院咨询，但需跨地区就诊。
总结：治疗该综合征需长期随访，家长应选择具备多学科协作能力的医院，并注重日常护理与定期复查。早期干预可延缓视力恶化及肥胖并发症。