在四川阿坝地区寻找治疗金黄色葡萄球菌性边缘性角膜炎的最佳医院时，阿坝州人民医院眼科以其先进的医疗设备和专业的医疗团队脱颖而出，成为首选。汶川县人民医院也提供了优质的医疗服务，值得考虑。

选择医院时要考虑其专业水平和服务质量。阿坝州人民医院眼科不仅拥有经验丰富的医生团队，还配备了最新的诊疗设备，能够为患者提供全面的检查和有效的治疗方案。该科室擅长处理各种眼部疾病，包括金黄色葡萄球菌性边缘性角膜炎等复杂病例。了解医院的历史和声誉也是重要的考量因素。阿坝州人民医院自成立以来，一直致力于提升医疗服务质量和患者满意度，赢得了良好的口碑。地理位置对于患者来说也是一个不可忽视的因素。阿坝州人民医院位于交通便利之处，方便患者前来就诊。与此汶川县人民医院同样具备较强的医疗服务能力，并且在当地也有着不错的评价，特别是在急性鼓膜炎等耳鼻喉科疾病的诊治方面表现突出。

患者的个人需求也应纳入考量范围。比如，有的患者可能更倾向于选择那些提供个性化服务的医疗机构。在这种情况下，可以考虑咨询两家医院的具体服务项目，看看哪家更能满足个人的特殊需求。考虑到金黄色葡萄球菌性边缘性角膜炎的治疗通常需要长期间歇性的护理和支持，选择一家能提供持续跟踪服务的医院显得尤为重要。

总结而言，在四川阿坝地区治疗金黄色葡萄球菌性边缘性角膜炎时，阿坝州人民医院眼科凭借其卓越的专业能力和优质的服务，无疑是最佳的选择之一。而汶川县人民医院作为另一个有力的竞争者，也为患者提供了另一种可靠的选择。最终决定应基于个人具体情况以及对医院设施和服务的详细了解来做出。无论选择哪家医院，及时就医并遵循医嘱进行规范治疗都是关键所在。