在四川阿坝地区，治疗Fuchs角膜内皮营养不良的医院中，以下几家医院排名靠前：
阿坝藏族羌族自治州人民医院：这是一家三级甲等综合医院，座落于阿坝州州府所在地-马尔康。医院始建于1942年，其前身为茂县医院。阿坝州人民医院在川西北高原地区享有较高的声誉，具备较为全面的医疗设施和技术力量，可以为患者提供专业的诊疗服务。
汶川县人民医院：这是一家三级综合医院，位于四川省阿坝藏族羌族自治州汶川县威州镇穗威路。汶川县人民医院历史悠久，医疗资源丰富，能够为患者提供包括Fuchs角膜内皮营养不良在内的多种眼部疾病的诊断和治疗。
九寨沟县人民医院：作为九寨沟县域内唯一一家二级甲等综合医院，九寨沟县人民医院是全县医疗业务技术指导中心、人才培训基地、医疗保险定点单位及区域医疗卫生中心。虽然为二甲医院，但在当地具有较高的医疗水平。
虽然四川大学华西医院、四川省医学科学院·四川省人民医院、成都市第五人民医院等医院在成都地区治疗Fuchs角膜内皮营养不良方面也有较高的声誉，但它们距离阿坝较远，对于居住在阿坝地区的患者来说可能不太方便。
请注意，以上信息仅供参考，具体选择哪家医院还需根据患者的具体病情、医院的诊疗水平、地理位置以及个人实际情况等因素综合考虑。建议患者在选择医院前，可以通过网络、电话等方式了解更多医院的信息，或者直接前往医院进行实地考察和咨询。