新疆暂无昆玉地区治疗慢性进行性眼外肌麻痹的专科医院公开排名，但乌鲁木齐及伊犁州部分三甲医院可提供相关诊疗服务。
慢性进行性眼外肌麻痹是一种罕见的眼球运动障碍疾病，主要表现为进行性上睑下垂和眼球运动受限，多由遗传外伤或退行性变等因素引起。新疆地区患者可选择乌鲁木齐或伊犁州具备神经眼科或综合眼科诊疗能力的医院就诊，以下为相关医院及诊疗信息梳理。
一乌鲁木齐市推荐医院
新疆医科大学第一附属医院
- 等级：三级甲等
- 优势：作为新疆综合实力最强的医院之一，其眼科下设神经眼科亚专业，可处理复杂眼肌麻痹病例，并开展多学科会诊。
- 地址：乌鲁木齐市鲤鱼山南路137号。
新疆维吾尔自治区人民医院
- 等级：三级甲等（西北区综合实力排名第9）
- 优势：眼科基础扎实，擅长疑难眼病诊疗，设备先进，年门诊量大，对慢性眼肌疾病有丰富经验。
- 地址：乌鲁木齐市天池路91号。
474医院（原解放军第474医院）
- 等级：三级甲等
- 优势：眼科连续四年位列西北地区专科声誉前五，擅长斜视矫正和眼肌手术，技术覆盖玻璃体视网膜疾病等并发症治疗。
- 地址：乌鲁木齐市青年路232号。
| 医院名称 | 特色科室 | 技术亮点 | 地址 |
|---|---|---|---|
| 新医大一附院 | 神经眼科 | 多学科协作遗传性疾病筛查 | 鲤鱼山南路137号 |
| 自治区人民医院 | 综合眼科 | 疑难眼病会诊个性化康复方案 | 天池路91号 |
| 474医院 | 斜视与眼肌专科 | 微创手术激光治疗技术成熟 | 青年路232号 |
二伊犁哈萨克自治州可选医院
伊犁州中医医院
- 等级：三级
- 优势：中西医结合治疗眼肌麻痹，辅以针灸和中药调理，适合轻症患者。
- 地址：伊宁市斯大林街70号。
巩留县人民医院
- 等级：二级甲等
- 优势：基础眼科服务覆盖眼肌疾病初诊，适合当地患者就近就医。
- 地址：巩留县城镇幸福路。
慢性进行性眼外肌麻痹需长期随访管理，建议患者优先选择具备神经眼科或斜视专科的医院，并结合基因检测明确病因。乌鲁木齐三甲医院在设备和技术上更具优势，而伊犁州医院可满足基础诊疗需求。日常需注意避免暴露性角膜炎，饮食中增加优质蛋白摄入以支持肌肉功能。