异地就医备案后仍然自费可能有以下几种原因：
备案信息问题
备案信息不准确：备案信息填写错误，如备案地、备案有效期等信息有误，导致医保系统无法识别备案状态，影响直接结算。
备案未生效：备案存在一定的生效时间，通常需要1-2个工作日，若在备案生效前就医，需自费结算。
就医地医疗机构问题
非定点医疗机构：就医地的医疗机构未纳入医保定点范围，无法进行医保直接结算，需自费后回参保地手工报销。
医疗机构系统故障：就医地医疗机构的医保结算系统出现故障，导致无法正常进行医保结算。
医保政策差异问题
医保目录差异：就医地和参保地的医保目录存在差异，部分药品、诊疗项目或医用耗材不在参保地医保目录内，需自费。
待遇政策差异：不同地区的医保待遇政策不同，如起付标准、支付比例、最高支付限额等，可能导致部分费用需自费。
费用结算流程问题
未使用医保凭证：就医时未主动出示医保电子凭证或社会保障卡等有效凭证，导致无法直接结算。
费用结算超期：跨省异地就医的医疗费用结算存在一定的时限要求，若超期未结算，需自费。
其他问题
备案过期：备案有效期已过，需重新办理备案手续。
系统故障：医保结算系统出现故障，导致无法正常结算。
如果异地就医备案后仍然自费，建议您及时联系参保地医保部门或就医地医疗机构，了解具体原因并解决问题。