湖南中医药大学第二附属医院拥有多个特色科室，以下是一些主要的特色科室：
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肛肠科 ：该科室是国家临床重点专科，也是国家中医药管理局重点学科，具有显著的专业优势。
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皮肤科 ：皮肤科是国家临床重点皮肤科、国家中医优势专科、国家中医药管理局重点皮肤科和重点学科，拥有国家中医药管理局三级实验室，并在银屑病、湿疹、荨麻疹等疾病方面具有独特优势。
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骨伤科 ：骨伤科是国家临床重点专科建设单位，也是国家中医药管理局重点中医专科，擅长治疗各种骨伤疾病。
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内科心血管专科 ：内科心血管专科在湖南省乃至全国具有较高的知名度，主要接诊咳嗽、气管炎、支气管哮喘、虚寒性胃病、腹痛、慢性腹泻、肩周炎、各类关节炎、肢体麻木等病种。
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儿科 ：儿科主要接诊小儿咳嗽、小儿气管炎、小儿支气管哮喘、小儿慢性腹泻、尿床、疳积等病种。
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耳鼻喉科 ：耳鼻喉科主要接诊过敏性鼻炎、慢性咽炎、慢性化脓性鼻窦炎、反复感冒等病种。
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针灸科 ：针灸科主要接诊面瘫、中风后遗症、腰腿痛、类风湿性关节炎、肩周炎等病种，并采用“冬病夏治——穴位敷贴疗法”等特色治疗方法。
这些特色科室在湖南省乃至全国都具有较高的知名度，每年吸引大量患者前来就诊。医院凭借显著的中医特色，成为湖南省内集医疗、保健、教学、科研为一体的中医龙头医院之一。