重庆治疗真菌性角膜炎较好的医院包括重庆市涪陵中心医院、重庆市第四人民医院、陆军军医大学第一附属医院等，这些医院均具备三级甲等资质，拥有专业的眼科诊疗设施和丰富的临床经验，尤其涪陵中心医院以百年历史和综合实力著称，第四人民医院则以急诊和创伤学科为特色，而陆军军医大学附属医院在疑难眼病领域更具权威性。
三级甲等医院优先：真菌性角膜炎属于感染性眼病，需专业设备和经验丰富的医生团队。重庆市涪陵中心医院作为百年老院，集教学、科研、急救于一体，眼科诊疗能力全面；陆军军医大学第一附属医院则依托国家重点学科资源，在复杂病例处理上更具优势。
区域医疗中心选择：若位于南岸区，可优先考虑重庆市第五人民医院（国科大附属医院），其眼科设施完善且为医保定点单位；而主城区患者可选择重庆市第四人民医院，该院急救体系成熟，适合突发性感染病例。
专科与综合实力结合：部分综合医院如重庆医科大学附属第一医院，虽未明确提及眼科排名，但其三甲资质和多学科协作能力仍值得信赖；而大足区人民医院等区域龙头，适合当地居民就近就医。
建议根据病情紧急程度、地理位置和医保覆盖范围综合选择，急重症患者可优先考虑具备急诊优势的医院，慢性或复杂病例则推荐专科实力更强的机构。