农村合作医疗（现在一般称为城乡居民基本医疗保险）的住院报销比例会因地区、医疗机构级别等因素而有所不同。
一、不同级别医疗机构报销比例的一般情况
乡镇级医疗机构
通常报销比例相对较高，一般在 80% - 90% 左右。这是因为乡镇级医疗机构的定位是为当地居民提供基本医疗服务，服务成本相对较低，并且鼓励居民小病在基层医疗机构治疗。例如，某乡镇卫生院对于参保居民的住院费用，在扣除起付线（一般可能在 100 - 300 元左右）后，符合医保报销范围内的费用可以按照 85% 的比例进行报销。
县级医疗机构
报销比例一般在 60% - 80%。县级医疗机构的医疗设备和技术水平比乡镇级要高，能够处理更复杂的疾病，但相应的费用也会有所增加。以县级人民医院为例，起付线可能在 300 - 500 元左右，报销范围内的费用按照 70% 的比例报销。
市级医疗机构
报销比例大概在 50% - 70%。市级医疗机构汇聚了更优质的医疗资源，如先进的检查设备、专家团队等。其起付线可能在 500 - 1000 元左右，报销比例会根据具体医院级别（如三甲、三乙等）和当地医保政策有所差异。
省级及以上医疗机构
报销比例相对较低，可能在 40% - 60%。因为这些医疗机构往往针对疑难重症，治疗费用较高，而且患者来源广泛。起付线可能在 1000 - 2000 元左右，例如一些省级三甲医院，起付线以上符合医保目录的费用按照 50% 左右的比例报销。
二、特殊情况和政策调整因素
异地就医
如果在异地就医，报销比例可能会降低。这是因为异地就医涉及到医保统筹地区的不同，医保基金的支付能力和政策差异等因素。一般需要先办理异地就医备案手续，否则可能会按照较低的比例报销，甚至需要个人先自付一定比例的费用后再按规定报销。
重大疾病保障
对于一些重大疾病，如白血病、尿毒症等，医保部门可能会提高报销比例或者设立专项救助政策。有些地区对于重大疾病住院费用可能会在原有报销基础上提高 10% - 20% 的报销比例，或者不设起付线，按照更高的比例进行报销，以减轻患者家庭的经济负担。
医保目录范围
只有符合医保目录范围内的药品、诊疗项目和服务设施等费用才能按规定比例报销。例如，一些进口的高端药品、美容整形项目、非疾病治疗性质的保健服务等通常不在医保报销范围内。如果患者使用了这些非报销范围内的项目，其费用需要全部由个人承担，这也会在一定程度上影响实际报销比例。
具体的报销比例需要咨询当地的医保部门，因为不同地区的医保政策会根据当地的经济发展水平、医保基金收支情况等因素进行调整。