农村合作医疗是否报销三甲医院的门诊费用，需要根据具体情况来判断，以下是相关情况介绍：
普通门诊报销
部分地区可报销 ：在一些地区，农村合作医疗已经将三级医院的普通门诊费用纳入了报销范围。例如，根据 2024-2025 年新农合报销比例的相关规定，三级医院就诊报销 20%，每次就诊各项检查费及手术费限额 50 元，处方药费限额 200 元 。
报销范围有限 ：通常普通门诊报销的范围会限定在一些基本的医疗服务项目和药品目录内，超出规定范围的费用则需要患者自行承担。
慢性病门诊报销
特定慢性病可报 ：如果患者患有高血压、糖尿病等慢性病，并且通过了慢性病认定，那么在三甲医院门诊发生的符合规定的慢性病医疗费用可以报销，基本医疗保险统筹基金支付比例一般为 70% 。
需认定和申请 ：患者需要先进行慢性病认定，提交相关病历资料和诊断证明等，经审核通过后，才能享受慢性病门诊报销待遇。
特殊疾病门诊报销
重大疾病可报 ：部分地区将治疗周期长、对健康损害大、费用负担重的慢性病、特殊疾病门诊费用纳入基金支付范围，如恶性肿瘤门诊放化疗、尿毒症透析、器官移植术后抗排异治疗等 。
具体政策有差异 ：特殊疾病门诊报销的具体报销比例和限额等以当地政策法规为准，不同地区可能会有所不同。