农村合作医疗住院报销比例因医疗机构级别不同而有所差异，具体如下：
一级医疗机构
报销比例：政策范围内报销比例可达90%。
举例说明：某农民在乡镇卫生院住院，医疗费用为5000元，报销金额为4500元，个人只需支付500元。
二级医疗机构
报销比例：政策范围内报销比例可达80%。
举例说明：某农民在县级医院住院，医疗费用为1万元，报销金额为8000元，个人需支付2000元。
三级医疗机构
报销比例：政策范围内报销比例可达60%。
举例说明：某农民在市级医院住院，医疗费用为2万元，报销金额为1.2万元，个人需支付8000元。
大病保险报销
起付线及报销比例：大病保险起付线以上的费用按60%支付，最高限额可达25万元。
保障范围：涵盖儿童先天性心脏病、儿童白血病等8种大病，以及肺癌、食道癌、宫颈癌等12种大病，新农合的补助病种定额的比例为70%。
特殊人群优惠政策
农村低保对象、特困人员等特殊群体：60岁以上低保老人可免费参保，养老金低于200元的老人可享受50%-70%的缴费减免。
连续参保激励：连续参保3年以上，大病报销比例提高5%；连续参保5年以上，门诊报销比例提高3%，住院费用报销比例最高可达85%。