合作医疗已经自费结账后通常是可以报销的，但需要满足一定的条件和遵循相应的流程，以下是具体情况：
报销条件
定点医疗机构就医：一般需要在合作医疗定点医疗机构就医，非定点医疗机构就医的费用可能无法报销或报销比例较低。
符合规定费用：报销的医疗费用需符合合作医疗规定的报销范围，包括药品、诊疗项目、医疗服务设施等费用。
按时缴费：参保人员需按时缴纳合作医疗费用，未按时缴费可能会影响报销待遇。
报销所需材料
基本材料：通常需要提供合作医疗证原件及复印件、身份证原件及复印件、户口簿原件及复印件、病历、出院小结、住院发票原件、费用清单等。
特殊情况材料：如转诊到市外定点医疗机构住院的，需补充转诊证明等资料；产妇定额补偿还需提交准生证、出生医学证明等。
报销流程
提交申请：将上述材料提交到当地的乡镇或社区合作医疗管理部门进行报销申请。
审核：工作人员会对提交的材料进行审核，确认是否符合报销条件。
发放报销款：审核通过后，报销款项会在一定时间内发放到指定的账户。
报销时间限制
不同地区可能有不同的规定，一般要求在一定时间内完成报销申请，如市内定点医疗机构通常要求出院后及时办理，市外定点医疗机构可能要求出院后十天内到市合医局办理，逾期可能会影响报销。
建议您在就医前了解当地的政策和流程，以便更好地享受合作医疗的报销待遇。