全国治疗脑血栓的医院排名靠前的有：
北京协和医院：在复旦版《2021年度中国医院专科声誉排行榜》中，北京协和医院神经科连续6年名列神经内科专科声誉第1名，在处理和解决疑难杂症和重症方面处于国内领先地位。
北京天坛医院：其神经病学中心是全国规模最大、学科建设最为齐全的学科之一，是教育部国家重点学科、卫计委国家临床重点专科、国家神经系统疾病医疗质量控制中心、科技部国家神经系统疾病临床医学研究中心。
复旦大学附属华山医院：神经内科是上海市医学领先专业重点学科、教育部国家重点学科、卫生部临床重点专科，设有多种神经科专病门诊。
四川大学华西医院：在脑血栓治疗方面也有很高的声誉，是全国医院综合实力排行榜第2位。
中国人民解放军总医院（301医院）：创建于1953年，是集医疗、保健、教学、科研于一体的大型现代化综合性医院，在脑血栓治疗方面具有丰富的经验。
复旦大学附属中山医院：是中国人创建和管理的最早的大型综合性医院之一，在脑血栓治疗方面也有很高的水平。
上海交通大学医学院附属瑞金医院：是一所集医疗、教学、科研为一体的三级甲等综合性医院，有着百年的深厚底蕴，在脑血栓治疗方面也有很高的声誉。
以上排名是基于复旦版医院专科榜，省市卫健委、卫生部，以及医院等级和当地口碑等信息产生。