农村合作医疗跨省异地报销的流程主要包括以下步骤：
1. 办理异地就医备案
确定备案类型：跨省异地长期居住人员（如异地安置退休人员、异地长期居住人员、常驻异地工作人员等）和跨省临时外出就医人员（如异地转诊就医人员、因工作旅游等原因异地急诊抢救人员等）。
选择备案方式：
线上备案：通过国家医保服务平台APP、微信公众号、国务院客户端小程序等线上渠道进行备案。例如，进入“国家医保局”微信公众号，点击微服务→国家异地就医备案，进入异地备案小程序页面，点击“异地就医备案申请”按钮，开始备案。
线下备案：到参保地医保经办机构现场办理备案，需携带有效身份证件、社保卡及相关证明材料，如异地安置的户口证明、居住地的有效居住证明、单位派驻异地的工作证明等。
提交备案材料：根据备案人员的不同类别，上传相应的备案证明材料，例如居民身份证、转诊转院证明材料、居住证、工作合同等。
查看备案进度：备案提交后，可以通过备案平台或小程序查询备案状态和进度。
2. 选择定点医疗机构
查询定点医疗机构：通过国家医保服务平台APP、当地医保部门官网等渠道查询已开通跨省异地就医直接结算的定点医疗机构。
就医时出示凭证：在定点医疗机构就医时，需出示医保电子凭证或社会保障卡等有效凭证。
3. 就医与结算
直接结算：在已开通跨省异地就医直接结算的定点医疗机构就医，出院时只需支付自付部分的费用，医保报销部分由医保系统自动结算。
手工报销：如果在未开通跨省异地就医直接结算的定点医疗机构就医，需要先垫付全部医疗费用，然后回参保地医保经办机构进行手工报销。手工报销所需材料一般包括医疗费用结算清单、费用明细清单、住院病历复印件、诊断证明、身份证、社保卡、异地就医备案证明等。
注意事项
备案有效期：跨省异地长期居住人员办理登记备案后，备案长期有效；跨省临时外出就医人员备案有效期原则上不少于6个月，有效期内可在就医地多次就诊并享受跨省异地就医直接结算服务。
急诊抢救：异地急诊抢救人员视同已备案，无需额外提交备案材料。
结算网络故障：如果因结算网络系统、就诊凭证等故障导致无法直接结算的，相关医疗费用可回参保地手工报销。
以上流程仅供参考，具体操作可能因地区政策差异而有所不同，建议在办理前咨询当地医保部门或医疗机构，以获取最准确的信息。