农村合作医疗目前还不能完全实现全国通用，主要有以下几方面原因：
政策差异
制度设计不同 ：农村合作医疗由各地政府根据当地实际情况制定具体政策，包括缴费标准、报销比例、报销范围等，不同地区的政策存在较大差异。例如，有的地区报销起付线较低，报销比例较高，而有的地区则相反。
统筹层次较低 ：农村合作医疗的统筹层次多以县或市为主，各地的基金筹集、管理和使用相对独立。这导致不同地区的医保基金规模、支付能力和保障水平不同，难以实现全国范围内的统一调配和使用。
医疗资源分布不均
地区差异大 ：我国不同地区的医疗资源分布极不均衡，大城市和发达地区的医疗资源丰富，医院数量多、技术水平高、医疗设备先进；而一些偏远农村地区的医疗资源相对匮乏，医疗机构少、医疗条件差。这种不均衡的医疗资源分布，使得农村合作医疗在不同地区的保障能力和实际效果存在较大差距。
管理难度大 ：由于医疗资源分布不均，如果实行全国通用，可能会导致患者过度集中于大城市和发达地区的医疗机构，给这些地区的医疗资源带来巨大压力，同时也增加了医保基金管理的难度。
人口流动频繁
参保地与就医地不一致 ：随着人口流动的加剧，许多农村居民在外地打工或生活，参保地与就医地不一致。这使得他们在就医时无法及时享受当地的农村合作医疗报销待遇，需要返回参保地报销，增加了患者的经济负担和时间成本。
信息共享不畅 ：不同地区的农村合作医疗信息系统相对独立，信息共享不畅。在人口流动频繁的情况下，患者的参保信息、就医记录等难以在全国范围内及时准确地传递和共享，给医保报销和管理带来很大困难。
信息系统不完善
技术标准不统一 ：各地的农村合作医疗信息系统在技术标准、数据格式、接口规范等方面存在差异，难以实现全国范围内的互联互通和数据共享。
资金投入不足 ：农村合作医疗的信息系统建设和维护需要大量的资金投入，而一些地区由于经济条件限制，信息系统建设相对滞后，影响了全国通用的实现。