农村合作医疗跨省住院是可以报销的。根据2024-2025年的最新政策，新农合已经建立了异地就医结算制度，方便农村居民在异地就医时享受报销待遇。具体报销比例和流程会因地区而异，需要按照相关规定进行备案和报销。
报销比例
乡镇卫生院：起付线为100元，报销比例为90%。
县级定点医院：起付线为200元，报销比例为82%。
市级定点医院：起付线为500元，报销比例为65%。
省级定点医院：起付线为700元，报销比例为55%。
省外非定点医院：起付线为1000元，报销比例为45%。
报销流程
转诊证明：患者需在当前住院医院寻求副主任级别以上的医师开具转诊证明，并确保该证明上加盖有医院医务部的公章。
备案手续：患者需携带转诊证明前往当地社保局或医保管理部门，办理跨省就医的相关手续，并明确标注跨省就医的城市及医院名称。
就医结算：在异地定点医院就诊期间，患者需自行垫付医疗费用。出院时，患者可直接在医院进行医疗费用报销，报销原则遵循多退少补。
注意事项
备案：异地就医前需办理备案手续，否则可能无法享受报销待遇。
报销比例：异地就医报销比例会略低于本地就医，具体差异需根据不同地区的方案和法规来确定。
资料准备：报销时需携带相关资料，如住院病历、费用清单、住院发票、疾病诊断书、出院小结、身份证、户口本、合作医疗本（或证、卡）等。
农村合作医疗跨省住院是可以报销的，但需按照规定办理相关手续，并注意报销比例和流程的差异。