菏泽市二甲及以上医院包括以下几家：
- 菏泽市第三人民医院
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成立于1971年，初为菏泽地区精神病医院，1985年起向大专科小综合的格局快速发展。
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集医疗、教学、科研、预防于一体的大专科小综合特色鲜明的二级综合医院。
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现有职工538人，专业技术人员474人，其中高级职称47人，中级职称145人，初级职称282人。
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医院现设病床560张，年均门诊量10万余人次。
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是市、区、县城镇职工、居民基本医疗保险定点医院，市工伤保险定点医院，市、区生育保险定点医院，县、区新型农村合作医疗定点医院。
- 菏泽市第二人民医院
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始建于1971年，是一所以外科、妇产科为突出特色，内科、儿科全面发展的大型综合性医院。
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经市政府批准的全市唯一警医共建的市创伤医院，经省政府批准的菏泽市法医鉴定唯一复核医院。
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占地面积37亩，医务人员521人，编制床位600张，实际开放360张。
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科室设置齐全，包括普内科、神经内科、胸外科、普外科、泌尿外科、骨一科、骨二科、神经外科、妇产一科、妇产二科、儿科、眼科、口腔科、耳鼻喉科、疼痛科等临床科室和CT室、病理科、放射科、检验科、特检科、内窥镜室等辅助科室。
- 菏泽市传染病医院
- 综合实力较强，是菏泽市较为知名的二甲医院之一。
- 菏泽牡丹人民医院分院
- 综合实力较强，是菏泽市较为知名的二甲医院之一。
- 巨野县中医院
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成立于1987年，是一所集医疗、预防、教学、科研、急救、健康咨询为一体的二级甲等中医医院。
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占地面积20000平方米，建筑面积16000平方米，资产总值3500万元。
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现有干部职工355人，其中高级技术人员32人，中级技术人员159人，并有10余名全国、省内知名专家定期坐诊、手术、查房。
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设有内、外、妇、儿、眼、耳鼻喉、口腔、骨伤、针灸理疗、痔瘘、皮肤、肿瘤等16个临床医技科室。
- 山东曹县中医医院
- 综合实力较强，是菏泽市较为知名的二甲医院之一。
- 单县中医院
- 位于山东省菏泽市单县向阳路3号，是一家二甲中医院。
- 东明县中医院
- 位于山东省菏泽市东明县五四路东段135号，是一家二甲中医院。
- 成武县中医院
- 位于山东省菏泽市成武县，是一家二甲中医院。
- 山东省鄄城县人民医院南院区
- 位于山东省鄄城县，提供综合性医疗服务。
- 山东省鄄城县人民医院北院区
- 位于山东省鄄城县，提供综合性医疗服务。
这些医院在各自的专科领域和综合实力方面都有较强的表现，是菏泽市较为推荐的医疗机构。建议根据具体需求和病情选择合适的医院进行就诊。