三甲医院不建议做肺功能检查的原因可能有以下几点：
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严重心肺疾病患者 ：包括重度慢阻肺、严重心力衰竭、心绞痛、心梗、肺栓塞、呼吸衰竭等患者，由于心肺功能严重受损，可能无法耐受肺功能检查中的呼吸动作，甚至可能加重病情或引发危险事件，如气胸、休克等。
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近期有严重疾病发作史的患者 ：如近3个月内有严重心脏病发作或休克史的患者，其心肺功能尚未完全恢复，进行肺功能检查可能诱发新的疾病发作或加重原有病情。一般建议在疾病发作后至少等待一段时间（如3个月），待病情稳定后再考虑进行肺功能检查。
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无法配合检查的患者 ：包括意识障碍、脑瘫、严重虚弱、鼓膜穿孔（未进行耳道堵塞处理）等患者，以及前1周内接触过过敏原、正在使用胆碱酶抑制药物的重症肌无力患者等。这些患者可能因自身条件限制而无法完成检查所需的呼吸动作或配合指令，从而影响检查结果的准确性或安全性。
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近期有特定疾病症状的患者 ：如近期（3个月内）发生过心梗、脑卒中、心衰、严重心律失常、不稳定心绞痛、咯血症状、做过胸部或者腹部的手术、做过头部手术的患者，不宜进行肺功能检查。
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高血压控制不佳、严重感染、有主动脉瘤、气胸、巨大肺大疱且不准备手术治疗的患者 ：这些情况下，进行肺功能检查可能带来不必要的风险。
三甲医院不建议做肺功能检查主要是基于患者的具体病情和身体状况，以确保检查的安全性和准确性。建议在医生建议下，且患者病情稳定后再进行肺功能检查。