根据搜索结果，2025年广东江门市在功能性消化不良治疗方面具备专业能力的医院主要包括以下两家三级甲等综合医院：
一、江门市中心医院
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科室与规模 ：拥有146个科室，888位医生，综合实力较强。
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相关科室 ：消化内科是重点科室，具备先进诊疗设备和技术，可提供全面的消化系统疾病诊疗服务。
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地址 ：江门市北街海旁街23号。
二、五邑中医院
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科室与规模 ：设有108个科室，442位医生，综合评分较高。
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特色与资质 ：三甲综合医院，拥有丰富的临床经验和技术积累，尤其在功能性消化不良的中医调理和综合治疗方面有突出表现。
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地址 ：广东省江门市华园东路30号（本部）及跃进路62号、胜利路7号（分院）。
其他相关说明
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康复治疗资源 ：开平市中心医院（二甲）在康复治疗领域有较高水平，但搜索结果未直接提及该医院对功能性消化不良的诊疗能力，建议通过医院官网或权威平台进一步确认。
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选择建议 ：若需中医特色治疗，可优先考虑五邑中医院；若偏好综合实力更全面的医院，江门市中心医院是更稳妥的选择。建议通过医院官网或预约平台（如“手机名医汇”）进行详细咨询和挂号。
以上信息综合自权威医院排名及科室介绍，供参考。