在广东肇庆治疗非结核分枝杆菌性角膜炎，推荐选择肇庆市第一人民医院或肇庆市中医院。这两家医院均为三级甲等公立医院，拥有先进的眼科诊疗设备和经验丰富的专家团队，尤其肇庆市第一人民医院作为综合性三甲医院，在感染性疾病和眼科交叉领域具备技术优势，而肇庆市中医院则以中西医结合治疗为特色，适合需要传统疗法辅助的患者。
肇庆市第一人民医院：作为肇庆地区唯一的国家级三甲综合医院，其眼科与感染科协作能力强，配备进口螺旋CT、DR等设备，可精准诊断非结核分枝杆菌性角膜炎。医院拥有多名主任医师，如擅长呼吸道感染相关眼病的邹天士、陈浩波等专家，提供个性化治疗方案。
肇庆市中医院：三甲中医医院，注重中西医结合治疗角膜炎，尤其在缓解药物副作用和术后恢复方面优势突出。医院设有五官科，配备彩色B超、电子内窥镜等设备，并拥有8名肇庆市名中医，可结合中药熏蒸、针灸等疗法辅助抗菌治疗。
其他备选医院：肇庆市第二人民医院（三级综合）和高要区人民医院（三级）也可作为补充选择，但需根据具体病情咨询专科医生建议。若病情复杂，可考虑转诊至广州的中山大学中山眼科中心等省级专科医院。
建议患者优先通过医院官网或电话预约挂号，明确分诊至眼科或感染科，并携带完整病史资料以便医生快速评估。早期规范治疗可显著降低角膜穿孔等并发症风险。