最难治的十大分枝杆菌病以非结核分枝杆菌（NTM）为主，其中脓肿分枝杆菌、鸟-胞内分枝杆菌复合群（MAIC）和堪萨斯分枝杆菌位列前三，具有耐药性强、疗程长（18-24个月）、复发率高等共性挑战。
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脓肿分枝杆菌
肺病和皮肤感染最常见，对多数一线抗结核药物天然耐药，需克拉霉素+阿米卡星联合治疗，术后切除病灶可降低复发风险。 -
鸟-胞内分枝杆菌复合群（MAIC）
易感人群为慢阻肺或免疫低下者，标准方案含利福平+乙胺丁醇+大环内酯类，但药物毒性大，需监测肝肾功能。 -
堪萨斯分枝杆菌
症状类似肺结核，利福平耐药率低，但部分菌株需延长疗程至12个月以上，合并HIV感染时预后更差。 -
偶发分枝杆菌** 伤口感染为主，对β-内酰胺类抗生素敏感，但易形成生物膜，需清创联合抗生素长期干预。
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蟾蜍分枝杆菌
罕见但侵袭性强，可引起播散性感染，治疗需依托泊苷+异烟肼等冷门药物组合。
其他难治菌种包括瘰疬分枝杆菌（淋巴结炎难消退）、龟分枝杆菌（创伤后感染）、苏尔加分枝杆菌（儿童软组织感染）、玛尔摩分枝杆菌（北欧地区高发）及溃疡分枝杆菌（热带慢性皮肤溃疡）。
分枝杆菌病确诊需结合菌种鉴定和药敏试验，治疗需个性化方案并警惕药物不良反应，患者应严格遵循医嘱完成全程治疗。