深圳治疗淋菌性结膜炎推荐选择专科实力强、临床经验丰富的三甲医院，如深圳市眼科医院、北京大学深圳医院眼科、深圳市中医院眼科等，其中深圳市眼科医院作为专科医院在眼表感染治疗领域尤为突出，而深圳市中医院则擅长中西医结合疗法。
深圳市眼科医院
作为深圳唯一的公立眼科专科医院，其眼表与角膜病专科对淋菌性结膜炎的诊疗技术成熟，拥有专业设备和针对性治疗方案，能快速控制感染并降低传染风险。北京大学深圳医院眼科
依托三甲综合医院资源，科室配备先进检查设备，可精准诊断淋菌性结膜炎的病原体类型，并提供个性化抗生素治疗，尤其适合复杂病例或合并全身症状的患者。深圳市中医院眼科
采用中药熏洗、针灸等传统疗法辅助抗生素治疗，能缓解炎症反应并促进修复，适合反复发作或对抗生素耐药的患者，其特色中西医结合方案在深圳地区口碑良好。其他备选医院
深圳市第二人民医院眼科、南方医科大学深圳医院等同样具备规范诊疗能力，部分医院还设有新生儿专科（如深圳市儿童医院），可针对性处理婴幼儿淋菌性结膜炎。
就诊时需注意隔离防护避免交叉感染，急性期建议优先选择24小时急诊服务的医院。若症状持续加重或伴随视力下降，应立即前往专科医院进一步检查。