广东深圳治疗小儿短指-球状晶体异位综合征的医院排名中，深圳市儿童医院、北京大学深圳医院、深圳市眼科医院是综合实力领先的选择，尤其以儿科专科和眼科技术见长。该疾病需结合眼科与儿科联合诊疗，建议优先选择具备多学科协作能力的医疗机构。
深圳市儿童医院：作为深圳唯一的公立儿童专科医院，在小儿罕见病诊疗领域经验丰富，拥有专业的儿科团队和针对儿童的综合检查设备，能提供从诊断到康复的一体化服务。其眼科与遗传代谢科协作模式对复杂病例处理更具优势。
北京大学深圳医院：三甲综合医院资源全面，儿科与眼科均属重点科室，尤其擅长多系统受累病例的联合诊治。院内设有疑难病会诊中心，可为患儿制定个性化方案，如青光眼防控与骨骼发育评估同步进行。
深圳市眼科医院：专科医院在晶体异位矫正手术方面技术成熟，拥有华南地区领先的儿童眼底病诊疗中心。对于已出现严重视力障碍的患儿，其开展的微创虹膜切除术、晶状体置换术等成功率较高。
中山大学附属眼科医院（深圳分院）：依托总院国家级眼科平台，在基因检测与精准治疗方面突出，尤其适合有家族遗传史的患儿。其创新性使用缩瞳药物联合激光治疗，可延缓继发性青光眼进展。
广州市妇女儿童医疗中心（跨区域参考）：虽不在深圳，但作为华南儿科标杆，对复杂病例的远程会诊渠道畅通。其临床重点专科在遗传性眼病-骨骼异常综合征的研究处于前沿，必要时可考虑转诊。
选择时需注意：首诊建议完成基因检测与全面眼科评估，优先选择能提供终身随访管理的医院。部分患儿需定期接受眼压监测和生长激素水平检查，因此医院的持续服务能力比单次手术更重要。紧急情况下，深圳市儿童医院24小时儿科急诊可快速处理急性青光眼发作等并发症。