以下是合作医疗乡镇医院不报销的一些原因：

医保政策规定

• 起付线未达到：乡镇医院作为一级定点医疗机构，通常设有起付线，如100元或200元。如果患者的住院费用未达到起付线标准，起付线以下的医药费用是不予报销的。

• 报销范围限制：合作医疗有明确的报销范围，一些非基本医疗服务、超出医保目录的药品和诊疗项目等不在报销范围内。例如，美容治疗、整容和矫形手术、康复性医疗（如气功、按摩、推拿、理疗、磁疗等）以及各类陪客费、就诊交通费、出诊费、住院期间的其他杂费等费用均不予报销。

• 特殊病种限制：虽然合作医疗基金报销支付一些特殊病种的治疗费用，但一般辅助治疗不列入报销范围。特殊病种的特定门诊治疗需符合规定，如治疗期间必须的支持疗法和全身、局部反应对症处理等可报销，而一些非必要的辅助治疗则不在报销范围内。

就医与转诊规定

• 未按规定就医：如果患者未在定点医疗机构就诊，或者未按规定办理转诊手续，自行到乡镇医院就医，可能会导致无法报销。例如，转诊到县外定点医疗机构就诊者，须持县级定点医疗机构的诊断和转诊证明报县合管办审批，未经批准的不予补助。

• 非区内定点医院：非区内定点医院的门诊医疗费用（特殊病种门诊治疗费用除外）不予报销。如果乡镇医院不属于区内的定点医疗机构，患者在其就诊产生的门诊费用将无法报销。

患者自身情况

• 未参加合作医疗：未参加农村合作医疗的患者，其医药费用自然不予报销。

• 存在第三方责任：在存在第三方责任的情况下，如交通事故、医疗事故、工伤等，发生人身伤害产生的医药费依法应由第三方承担，合作医疗不予报销。

• 违法行为导致的伤害：因自杀、自残、服毒、吸毒、打架斗殴等违法行为以及其家属的故意行为造成伤害所产生的医药费，合作医疗不予报销。