农村合作医疗检查CT是否能报销，需要根据具体情况来判断，以下是相关情况说明：
住院期间的CT检查
可以报销 ：在住院期间进行的CT检查，通常是可以报销的。根据农村合作医疗的住院报销标准，辅助检查项目如CT等有报销限额，一般限额为200元。
报销比例 ：不同地区、不同等级的医院报销比例有所不同。例如，在某地区县级医院住院，报销比例可能为70%；在市级医院住院，报销比例可能为55%；在省级医院住院，报销比例可能为50%。
门诊期间的CT检查
部分地区可以报销 ：在一些地区，农村合作医疗的门诊报销范围包括CT检查，但报销比例和限额会有所不同。如在某地区，镇卫生院就诊报销40%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元。
部分地区不予报销 ：在一些地方，农村合作医疗对于门诊CT检查不予报销，因为门诊产生的费用不在报销范围内。
特殊情况
大病报销 ：如果患者患有大病，如恶性肿瘤等，需要进行CT检查，可能会享受大病保险的报销政策，报销范围和比例会有所提高。
慢性病管理 ：针对慢性病患者的定期检查，农村合作医疗也提供报销服务，CT检查费用可能包含在内。
建议
由于各地农村合作医疗政策存在差异，具体的报销情况建议咨询当地的农村合作医疗管理部门或定点医疗机构，以获取最准确的信息。