门诊检查费的新农合报销比例因地区和医疗机构级别而异，以下是不同地区和医疗机构级别的报销比例和流程：
按地区划分
村卫生室：在村卫生室就诊时，门诊检查费的报销比例通常较高，一般在70%左右。例如，某农民在村卫生室就诊，当年个人缴费为400元，那么他在村卫生室的年度门诊报销封顶线为240元。
乡镇卫生院：在乡镇卫生院就诊时，报销比例一般在40%左右。例如，镇卫生院就诊报销40%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元。
县级及以上医疗机构：在县级及以上医疗机构就诊时，报销比例相对较低，一般在20%-30%之间。例如，三级医院就诊报销20%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元。
按医疗机构级别划分
一级医疗机构：在一级医疗机构（含村卫生室）就诊时，门诊检查费的报销比例一般在80%左右。
二级医疗机构：在二级医疗机构就诊时，报销比例一般在30%-50%之间。
三级医疗机构：在三级医疗机构就诊时，报销比例一般在20%-30%之间。
报销流程
就医：参保居民在定点医疗机构就医时，需出示新农合医疗证和身份证等相关证件。
结算：在就医过程中，医疗机构会根据新农合政策进行实时结算，患者只需支付个人自付部分。
报销申请：对于未在就医时进行实时结算的情况，患者可在治疗结束后，携带相关票据和证明材料到当地新农合管理部门申请报销。
审核与发放：新农合管理部门对申请材料进行审核，审核通过后，将报销款项发放给患者。
注意事项
定点医疗机构：参保人员需在定点医疗机构就医，才能享受新农合报销待遇。
符合规定费用：报销的医疗费用需符合新农合规定的报销范围，包括药品、诊疗项目、医疗服务设施等费用。
年度报销限额：不同地区的年度报销限额有所不同，例如，某地规定普通门诊每人每年最高支付限额为160元。