医院门诊可以使用新农合报销，但可能存在一些限制或特殊规定导致部分情况下无法报销，具体如下：
政策规定限制
报销范围：新农合的报销范围涵盖普通门诊、慢特病门诊、住院医疗、大病保险等多个领域。如果就诊的医院门诊不属于新农合的定点医疗机构，或者所发生的医疗费用不在新农合的报销目录范围内，如一些非治疗性的检查项目、超出医保目录的药品和诊疗项目等，则无法进行报销。
起付线：部分地区门诊报销设有起付线，如2025年新农合普通门诊报销通常稳定在50%左右，但部分地区一级定点医疗机构（含村卫生室）发生的新规范围内门诊医疗费用按80%比例报销。如果门诊费用未达到起付线标准，就无法进行报销。
就医机构限制：新农合对门诊报销的医疗机构有特定要求，一般需要在定点医疗机构就医才能享受报销待遇。如果患者选择的医院不是新农合的定点医疗机构，那么在该医院门诊就医的费用将无法报销。
地区差异
政策差异：不同地区的经济发展水平、医疗资源分布以及医保基金的筹集和使用情况存在差异，导致各地的新农合报销政策会有所不同。部分地区可能对门诊报销的范围、比例、起付线等进行了调整和优化，而有些地区可能由于基金承受能力等因素，对门诊报销的限制相对较多。
系统对接问题：在一些地区，由于医保信息系统尚未完全统一，医院的门诊收费系统与新农合医保系统之间可能存在对接不畅的问题。这会导致在门诊就医时，无法实时结算新农合报销费用，患者需要先自费，然后再携带相关票据和证明材料到当地新农合管理部门申请报销，增加了患者的经济负担和报销流程的复杂性。